在电泳设备运转的过程中，由于受到电流、槽液循环的影响，会导致电泳槽的温度上升，而过高的温度就会影响涂膜的厚度，造成废弃油漆的增加，严重影响涂膜的外观，造成不可弥补的损失。因此学会控制电泳设备中电泳槽的温度是很有必要的。

控制电泳槽温度主要可以利用电泳设备中的热交换器，热交换器中往往有两中循环系统，一种是热端循环，可以降低温度高的槽液。而另一种则是冷端循环，就可以降低电泳设备在工作中所产生的热量，这两个循环系统都能很有效的降低电泳槽的温度。